فرقه‌ها از طریق تعمیق یا ایجاد شکاف‌های اجتماعی و نیز اتخاذ رفتارهای انحرافی، نظم اجتماعی را مختل و احساس امنیت عمومی را کاهش می‌دهند که نوعی بسترسازی برای بروز انواع خشونت‌ محسوب می‌گردد. در پاره‌ای شرایط، فرقه‌های تحت حمایت، نقش راست افراطی را ایفا می‌کنند که به علت خصلت افراط‌گری، زمینه‌ساز بروز خشونت سیاسی [در جامعه] می‌شوند.

یکی دیگر از ابعاد خشونت‌زای فرقه‌ها، تهدید نرم‌افزاری آن‌هاست. از منظر کارکردگرایی، هر نظام اجتماعی از طریق مجموعه‌ای از باورها و ارزش‌های نسبتاً مشترک در میان اعضا قوام و تداوم می‌یابد. شکل‌گیری نظام‌های عقیدتی متفاوت با نظام ارزشی مستقر و رایج، یکی از منابع مهم عدم تعادل ارزشی و نهایتاً بی‌ثباتی اجتماعی به حساب می‌آید.

فرقه‌ها با طرح عقاید و باورهای جدید و جذاب و ایجاد امکان ارتباط با منابع معنوی و روحانی، به نیاز روحی و روانی شهروندانی که از نظم عقیدتی مستقر، ناراضی بوده یا نسبت به آن کم‌عقیده هستند، پاسخ گفته و اخلال در نظام باورها را تسریع می‌بخشند. این امر می‌تواند در نهایت به فروپاشی مذاهب سنتی بیانجامد.

در نظام‌های ایدئولوژیک و عقیدتی که بر قرائت مشخصی از مذهب استوار شده‌اند، فرقه‌گرایان به سرعت مبانی مشروعیت حکومت را هدف گرفته و چهره اپوزیسیون به خود می‌گیرند. برای مثال می‌توان از فرقه «فالون گونگ» در چین نام برد. این فرقه در طی ۱۴ سال، صد میلیون پیرو جذب کرده و از حزب کمونیست این کشور با ۶۰ میلیون عضو پرقدرت‌تر است. این فرقه، به سرعت ماهیت اعتراضی پیدا کرده و حتی به نظر «انجمن بین‌المللی مطالعات استراتژیک لندن»، «فالون گونگ از تهدیدهای اصلی حاکمیت چین است».